随着增值税发票升级版系统的全面覆盖，升级版增值税专用发票信息已经实现实时上传，并生成增值税发票电子底账，增值税专用发票抵扣目前已经实现勾选确认与扫描认证并存。尽管目前仍然存在扫描认证，但根据笔者经验分析，由于勾选确认存在可以排序找票等智能功能，被大型和发票量大的企业的青睐，逐步全面取消扫描认证，实行发票电子底册勾选确认抵扣，将逐步推向所有增值税一般纳税人。
根据“国家税务总局公告2016年第57号”规定，自2016年9月1日起，纳税人每日可登录本省增值税发票选择确认平台，查询、选择、确认用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息。也就是说，在申报截止日期之日前都可以对符合时间条件的抵扣发票信息进行勾选确认抵扣。但是，目前取消认证的仅仅是A、B类企业，其他企业还是需要通过扫描认证。扫描认证的方法依然执行原规定，且有180天的期限限制。同时，对于取消认证的企业，取得申报当月开具的抵扣凭证是不能勾选抵扣的（如11月征期内申报10月份的增值税，取得的11月开具的专用发票不可以勾选抵扣）。因此，增值税专用发票由于种种特殊原因，导致当月无法申报抵扣的情况依然存在（比如发票红冲重开中导致发票在途，没有纳入勾选的企业没有及扫描认证等）。
纳税人由于发生当期预计可以抵扣的专用发票因故未能及时收到发票或者信息，致使发生无法扫描认证或者勾选确认、当月无法抵扣的未能及时确认抵扣问题，从而产生较大金额的应缴税金，导致暂时资金无法到位，难以按期缴纳增值税。面对这样的情况，如何通过合理的方法，既可以符合规范地延迟缴纳税款，又没有税收风险，更解决企业的资金流问题呢？这种问题虽然不经常遇到，但也是一个比较现实的问题。有的纳税人由于不是很好地掌握政策，想当然地通过少报销售收入、违规虚假抵减应纳增值税税额等虚假申报的手段，来达到不按期缴纳增值税的目的。然后在次月再通过可以抵扣的操作办法进行冲正。很显然，这样的做法是违反征管法的，是一种投机取巧的作弊办法，一旦被税务机关查实，将受到税务处罚，因此是存在税收风险的。
在税收政策上其实针对这样的情况也是作出了一定的制度安排的，只是因为很少遇到，导致大家比较陌生。下面介绍两种相对比较妥善的招数。
一、申请延期缴纳税款方法
在现实中，有一种困难不是人为造成的，而是天灾等特殊情况造就的结果。根据《国家税务总局关于更新税务行政许可事项目录的公告》（国家税务总局公告2016年第10号）规定，纳税人因有下列情形之一的特殊困难，不能按期缴纳税款的，经省、自治区、直辖市、计划单列市国家税务局、地方税务局批准，可以延期缴纳税款，但是最长不得超过三个月。
1、因不可抗力，导致纳税人发生较大损失，正常生产经营活动受到较大影响的；
2、当期货币资金在扣除应付职工工资、社会保险费后，不足以缴纳税款的。
因此，纳税人发生因未能及时确认抵扣而不能按期缴纳增值税的行为，同时伴随上述规定情形的特殊困难，需要延期缴纳税款时，应当在缴纳税款期限届满前向主管国家税务局提出书面申请，并报送下列材料：申请延期缴纳税款报告，当期货币资金余额情况及所有银行存款账户的对账单，资产负债表，应付职工工资和社会保险费等税务机关要求提供的支出预算。有权限的主管国家税务局对纳税人延期缴纳税款的申请进行审核，符合规定条件的可以核准。
纳税人在判断和办理时需要把握好政策界限：所谓不可抗力一般是指不可预见和无法避免的自然灾害，如风、火、水、地震等。当期货币资金是指应纳税款所属时期纳税人所拥有的各种货币资金，其中不包含国家法律和行政法规明确规定企业不可动用的资金。对于同一笔税款不能滚动申请延期缴纳。
征管法事实细则第四十二条第二项规定，税务机关应当自收到申请延期缴纳税款报告之日起20日内作出批准或者不予批准的决定；不予批准的，从缴纳税款期限届满之日起加收滞纳金。因此，对于批准延期的，在延期截止之日前缴纳，笔者认为不需要缴纳滞纳金；对于不批准的，则按照正常的方法计算滞纳金。
二、欠税用留抵税额抵缴
对于上面的情形来说，发生的比较特殊，一般地方比较少遇到，同时存在审批问题，不确定因素比较多。因此，另一种方法可能相对容易使用。根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发〔2004〕112号）规定，为及时追缴增值税欠税，解决增值税一般纳税人既欠缴增值税，又有增值税留抵税额的问题，对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。
因此，纳税人发生因未能及时确认抵扣而不能按期缴纳增值税的行为，同时又不符合申请延期缴纳税款核准情形的，应当按照规定如实申报增值税。对于不能按期缴纳的增值税，作欠税处理。对未及时抵扣的增值税发票，根据情形进行合法处理后，在次月及时进行正确的抵扣操作。由此，在次月的申报中产生增值税留抵税额，纳税人及时与当地国税机关取得联系，以期末留抵税额抵减增值税欠税，从而解决进项税抵扣问题。
这样的处理方式下，企业将损失一笔滞纳金，但相对于虚假申报的税务风险来说，自然要稳妥得多。
案例：B公司为纳税信誉等级A级增值税一般纳税人，主营专用设备的生产销售。9月份公司实现销售收入2000万元，销项税额340万元，已经取得的进项税发票上注明的税额300万元，当月只需要缴纳增值税40万元。10月初发现进项税发票上开具错误，必须退回重开。由于种种原因，重新开具的发票直到10月底才拿到。这样，B公司申报9月份应缴纳增值税340万元。经过资金周转困难，在征期最后1日缴纳入库增值税80万元，欠税260万元。
11月1日，企业将10月份的增值税进行计算，并将重新开具的发票也勾选抵扣，申报产生留底税额。申报后，及时到主管税务机关办理相关欠税抵缴手续，用10月产生的增值税期末留抵税额250万元抵缴欠税，并缴纳剩余的欠税10万元。同时，还缴纳了260万元欠税的滞纳金。
上述案例2中，B公司因取得的进项发票出现了问题，导致进项税额未能及时抵扣，形成欠税后，可以在下一期申报抵扣后及时用期末留抵税额抵缴欠税。这里必须要明白的是：用增值税期末留抵税额抵缴的税种必须是增值税，不能抵缴其它税种；在抵缴的时候相应的滞纳金应该一并抵缴或者同时入库。
总之，增值税一般纳税人取消扫描认证的范围将越来越广，纳税人必须要明白，取消认证不是完全取消抵扣确认条件，当月用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息必须要在规定时间内在增值税发票查询平台中进行查询、选择，并勾选确认。对于到勾选截止之日仍无法查询到相应信息的，就无法申报抵扣。当纳税人发生因未能及时确认抵扣而不能按期缴纳增值税时，应该区分不同情形，分别按照延期缴纳税款或者用增值税期末留抵税额抵缴增值税欠税的办法进行妥善处理，不可以采用其它违法违规办法处理，否则将受到处罚。两种方法的最大区别在于前者是审批事项，手续比较麻烦；后者企业有一定的主动权。
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