一、善意取得虚开的增值税专用发票企业所得税部分应如何处理？
1、不以虚开发票论购货方构成善意取得虚开增值税专用发票的，不属于《发票管理办法》所规定的虚开发票违法行为，不承担《发票管理办法》第三十七条所规定的处罚责任。
2、不以偷税论购货方构成善意取得虚开增值税专用发票的，不属于国税发[1997]134号及《税收征管法》所规定的偷税行为，不承担《税收征管法》第六十三条所规定的处罚责任。
3、不以虚开增值税专用发票罪论受票方善意取得虚开增值税专用发票的，不能充分虚开增值税专用发票罪的犯罪构成要件，因此不承担相应的刑事责任，深圳财务代理记账报税。
4、应承担补缴税款的责任
根据国税发[2000]187号的上述规定，尽管善意取得专用发票的受票方不以虚开发票和偷税论，但其所善意取得的虚假增值税专用发票已经进行了申报认证抵扣的，受票方应当重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，否则受票方应当补缴其所已经抵扣的虚假的增值税专用发票的税款，根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函[2007]1240号）的规定，受票方纳税人如应当补缴相应增值税税款的，无需同时承担补缴滞纳金的义务。
二、善意取得虚开增值税专用发票，纳税人购货成本应当予以税前扣除吗？
对于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票已经折扣的进项税款，《中华人民共和国增值税暂行条例》第九条和国税发[2000]第187号《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》规定得较为明确，应依法予以追缴。但对于所得税部分并没有非常明确的有针对性的规定，这需要结合增值税专用发票的作用对相关法规进行综合理解来适用法律。
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