1994年1月我国推行新税制，核心内容之一是建立以增值税为主体税种的税制体系，并实施以专用发票为主要扣税凭证的增值税征管制度。为有效防止不法分子利用伪造、倒卖、盗窃、虚开专用发票等手段进行偷、骗、逃国家税款的违法犯罪活动，国家决定在纸质专用发票物理防伪的基础上，引入现代化技术手段强化增值税征收管理。
1994年2月国务院召开专题会议，指示要尽快建设以加强增值税管理为主要目标的“金税工程”。会议同意利用人民银行清算中心网络建设交叉稽核系统，同时指出防伪税控系统要先试点，后推行。为组织实施这项工程，国务院成立了国家税控系统建设协调领导小组，下设“金税工程”工作办公室，具体负责组织、协调系统建设工作。当年下半年防伪税控系统和交叉稽核系统开始试点，金税工程正式启动。
从1994年到1998年，增值税交叉稽核系统（该系统主要采用企业提供增值税专用发票，有税务机关组织手工录入的方式进行数据采集）和增值税防伪税控系统在全国范围内进行推广使用。1994年随着税制改革的进行，为了对增值税专用发票进行有效管理，当时的国务院副总理朱镕基批准启动金税工程一期：增值税交叉稽核系统（该系统主要采用企业提供增值税专用发票，由税务机关组织手工录入的方式进行数据采集）和增值税防伪税控系统在全国范围内进行推广使用，1995年在全国50个试点单位实施上线。1996年底停止运行，停止原因：手工采集数据，错误率高，覆盖面窄，只有50个城市运行。
从1998年到2003年底，金税工程二期实施并取得阶段性成果。由增值税防伪税控开票子系统、防伪税控认证子系统、增值税稽核子系统、发票协查信息管理子系统四大系统组成。如果说金税二期是发票管税的话，那么金税三期是真正意义上的数据管税、信息管税，具有中国税收征管水平里程碑意义。
我理解的金税三期的含义是税务机关依托大数据分析技术，为提高纳税人税收的遵从度，以及税务机关加强后续管理的需要；而对纳税人提供的以及掌握的数据进行分析，从而发现纳税人存在税务疑点问题的征管工具。这个含义可能不全面，但至少说明了几个问题，纳税人的涉税数据将在税务局那端透明化，税局利用风险管控平台可以对纳税人存在数据不合理、逻辑不通等问题进行一一的案头分析，从而发现存在的疑点，进而进行约谈和纳税评估甚至税务稽查。
（前几天有公司收到稽查通知书）
金税三期上线之后，只要发现你买发票的企业走逃或者虚开，税务就会随时展开追查。
不像之前很多案例，都是过了好几年才发现。可以说利用金税三期系统打击虚开增值税专用发票是非常有效的，在此也告诫大家，千万不要再去动发票的脑筋了，现在连普通发票都要纳税人识别号了，发票的来龙去脉在系统里面清清楚楚。
前几天，有个我在北京培训过的学员问我一个问题，因为他们公司因业务原因需要请很多的专家来为公司服务，这些专家劳务费都不菲，公司去税局代开发票要交很多税，所以在网上找了一家劳务公司，能开专用发票，而且只要收5个点的手续费就可以了，出于职业的谨慎，他问我能不能去代开？我当然否定了他的这个想法，现在的专用发票都是进入系统的，到时候开具发票的公司人间蒸发了，倒霉的是我们接受发票的企业。还有很多的建筑企业代开的劳务费你得好好自查一下，因为根据相关规定，接受的是虚开的发票也是虚开发票的一种情形。
相比于金税三期在打击虚开专票方面，其在数据管税，信息比对方面更胜一筹。有家企业被税务局约谈了，说该企业有少代扣代缴个人所得税的嫌疑，需要财务负责人到税务局去解释清楚，财务负责人心里在想我每个月都按时足额全员申报了个人所得税，怎么可能少交呢，所以就理直气壮的来到了税务局，一谈顿时傻眼了，原来公司为了想上新三板进行了股份改制，将公司的盈余公积转增了资本，会计以为这块业务不需要代扣代缴个税，但问题是税务局怎么知道的呢？
其实说起来也简单，企业每个月都要向税务局报送财务报表，财务报表上面的项目会和纳税情况进行比对。有些会计朋友会问我，财务报表上的哪些项目会进行比对，我告诉你是全部，特别是在企业所得税方面，那是方方面面的进行比对，因为对软件系统来说，这都是可以实现的。那么刚才那个案例税务局究竟是怎么进行审核的呢？
首先税局风控管理员会进入风险数据的系统校验进行案头审核，主要审核财务报表申报查询，分析核实企业风险年度财务报表中“资本公积”、“盈余公积”“未分配利润”期初余额及期末余额。然后在金税三期中个税查询统计中查询个人所得税扣缴个税所得税报告表清册，审核风险年度代扣代缴个人所得税—利息、股息、红利所得申报入库数。如果没有发现有分红个税的入库数，就会询问约谈企业相关负责人了，根据疑点，要求企业提供“资本公积”、“盈余公积”“未分配利润”明细帐页复印件、股东投资协议及股东会分配决议复印件等。最后会核查企业基础登记信息和认定信息的准确性、审查相关年度财务报表中“资本公积”、“盈余公积”“未分配利润”期初余额及期末余额的变动方向，结合企业提供的上述资料进行分析核实。对于未分配利润、盈余公积和除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的情形，按照“利息、股息、红利所得”项目代扣代缴个人所得税。如果有存在少缴税款情况的，就会通知企业补缴税款并按规定加收滞纳金。