分析（存在的问题）：
一：根据规定工资薪金是需要按月申报的，而该企业未进行申报。
二:一般情况下，一次性发放12个月的工资是需要合并为一个月工资进行申报的，这就导致员工个人应负担的个人所得税税金较按月发放时有大大的增加。
三：个人所得税无全年工资薪金的申报记录，却在企业所得税的汇算清缴年报中填写了相关数据，在金三大数据管理下，会导致数据比对时出现严重的问题。于今年4月18日以后企税汇算清缴的企业，如在税局提供的“风险扫描提示服务”中出现“强制修改类”风险提示，且不去修改的，后期被稽查的概率将大大增加。
建议：
与相关部门沟通按时发放工资，并按期进行个人所得税的申报。既可以降低员工的税负，又能降低被稽查的风险。